西元1871年，「淡水廳志」付梓，其中記載：「『旗魚』，色黑，背翅如旗，鼻頭一刺長二、三尺，極堅利；大者六、七百斤，小者亦百餘斤，觸舟立沉」。此為臺灣本土最早的旗魚文獻。1923年宜蘭縣蘇澳建港，日本大份縣漁民來台鏢刺旗魚類，開創了臺灣的旗魚漁業。前行政院農業委員會水產試驗所分類學家楊鴻嘉先生，先後至臺灣沿海各旗魚漁獲港口，進行調查、測定及繪製各種旗魚原圖，並獲日本分類學者贈予相關分類文獻，1970年於<<台灣省水產試驗所試驗報告>>中完整紀錄臺灣海域產2科4屬6種旗魚。1993年臺灣大學沈世傑教授等國內知名分類學者，重新整理臺灣魚類分類文獻及檢視各標本館蒐藏魚類標本，彙編<<臺灣魚類誌>>，其中重新描述臺灣產旗魚類並更新分類體系，奠定臺灣旗魚生物學研究之重要依據。旗魚類雖為臺灣東部沿海常見之重要經濟性魚種，但由於其漁獲體型皆很大，所以各標本館典藏均不多見。

水產試驗所東部海洋生物研究中心（前臺灣省水產試驗所台東分所）座落於東部海域漁產量最高的成功鎮，該研究中心集地利及專業研究人力之優勢，成立30餘年來已蒐集魚類標本達2,500餘件，為國內典藏東部海域魚類標本最完整且具代表性的單位。2005年起，在國家科學委員會數位典藏國家型科技計畫（NDAP）支助下，將典藏之魚類標本陸續予以數位化，2年內已完成之魚類標本數達1,450件，分屬133科354屬737種。其中對於旗魚科6魚種，更是國內唯一有完整系列典藏之標本館。依據分類系統分別為：

劍旗魚（台東俗名：旗魚舅，ki-hi-kū）

雨傘旗魚（台東俗名：破雨傘，phoa-hō-soan）

立翅旗魚（台東俗名：旗魚仔，ki-hi-a）

黑皮旗魚（台東俗名：黑皮仔，o-phe-a）

小旗魚（台東俗名：紅肉屎，ang-bah-sai）

紅肉旗魚（台東俗名：紅肉仔，ang-bah-a）

每件採獲之旗魚標本，典藏流程耗巨人力與經費，入館前先將其發達的帆狀背鰭及各鰭條展開，利用大量粗細不同之昆蟲針固定於保麗龍板上，淋上福馬林使得固定，並在鰭條基部注入福馬林增加固定效果。將高畫數單眼相機固定於拍攝用的機台，並調整好光圈、焦距、快門，拍攝新鮮標本照。隨即以高濃度福馬林溶液浸泡固定，由於旗魚類魚體肌肉厚實，更必須在各肌肉及內臟部份注射福馬林，加強蛋白質固定效果，經一個月之固定後取出，再經二週日夜的細流水處理，最終移至特製長型鋼製保存櫃，以異丙醇溶液浸漬永久保存與展示。旗魚標本數位影像進行去背及編修處理，並將採集資料依據魚類metadata 需求規格書，填入完備之資料，進一步建立成metadata欄位資料，於本所水產數位典藏網頁展示。每件旗魚典藏標本可供魚類分類研究形質比對、計數與描述使用，更保存有肌肉組織液態氮及酒精浸漬標本，作為臺灣旗魚遺傳訊息物質生物條碼使用，針對未來進行各洋區旗魚類系群判別及類緣關係解析，更可提供重要之佐證。